正置顯微鏡的優點就是方便、快捷，滿足大多數人的使用習慣和要求，使得操作更順手。但在實際觀察中需要將樣品放平，因此其對樣品的自由度要求較高，要盡量滿足觀察要求，要有正確的操作方法。

　　倒置顯微鏡就是指物鏡與照明系統顛倒，物鏡在下，物體在上來進行觀察的光學顯微鏡。大致可分為生物倒置顯微鏡、金相倒置顯微鏡、偏光倒置顯微鏡、熒光倒置顯微鏡等。多應用于醫療衛生單位、高等院校、研究所等對微生物、細胞、細菌、組織培養、懸浮提、沉淀物等的觀察以及細菌的繁殖分裂等領域。

　　倒置顯微鏡的優點在于容易制樣(只需觀察面磨平)，載物臺上方空間大，對于大樣品的研究分析有著顯著的優勢，倒置生物顯微鏡的應用，對于培養皿中各細胞以及微生物的分裂等有著極其重要的意義。倒置顯微鏡的自由度大于正置顯微鏡。

　　其實，用戶在選擇顯微鏡的時候，就已經確立了自己的使用要求，在確立要求之后，選擇電動正置顯微鏡顯微鏡還是倒置顯微鏡已經一目了然，兩者各有特點，應用效果均很理想，如若將兩者搭配使用，則更好。